Tout le monde ne sait pas que la crèche a été inventée par saint François d’Assise trois ans avant sa mort, le 25 décembre 1223. Au cours de ses pérégrinations à travers les villes, il fut surpris de découvrir un lieu si semblable à Bethléem : c’était la ville de Greccio , un petit village perché sur la montagne à 750 mètres d’altitude, actuellement dans la province de Rieti (Italie). François y a même identifié une grotte, semblable à celle de Terre Sainte. Il décide donc d’y représenter la Nativité.
Dans la représentation préparée par saint François, contrairement aux représentations ultérieures, la Vierge Marie, saint Joseph et l’Enfant Jésus n’étaient pas présents. La messe était célébrée dans la grotte avec un autel portatif placé sur une crèche près de laquelle se trouvaient les deux animaux rappelés par la tradition, à savoir l’âne et le bœuf. La première description de la crèche vivante créée par saint François est due à Thomas de Celano (1190-1265), frère franciscain, écrivain et poète :

Ce que François fit trois ans avant sa mort glorieuse, près de Greccio, en la fête de la Nativité de notre Seigneur Jésus-Christ, est digne de mémoire et de pieux souvenir. Dans cette région vivait un homme nommé Jean, de bonne réputation et d’une vie plus agréable, que le bienheureux François aimait d’un amour singulier, parce que, issu d’une famille noble et très honorable, il méprisait la noblesse du sang et aspirait à la noblesse de l’esprit. Une quinzaine de jours avant le Noël du Seigneur, le bienheureux François l’appela, comme il le faisait souvent, et lui dit :
“Si tu veux que nous célébrions cette fête du Seigneur à Greccio, hâte-toi d’y aller et prépare promptement ce que je vais te dire. Je veux célébrer la mémoire de l’enfant qui est né à Bethléem, et je veux voir en quelque sorte de mes propres yeux ce qu’il a souffert dans son infirmité d’enfant, comment il a été déposé dans la mangeoire et mis sur le foin entre le bœuf et l’âne”.
L’homme bon et fidèle courut vite et prépara à l’endroit prévu ce que le saint lui avait dit.
Le jour est arrivé, un jour de joie et d’exultation. Les frères et les sœurs de nombreux endroits furent convoqués ; les hommes et les femmes de la région, débordant de joie, préparèrent, selon leurs possibilités, des bougies et des torches pour illuminer cette nuit qui, avec son étoile scintillante, éclairait tous les jours et toutes les années. Enfin, le Saint de Dieu est arrivé et, voyant que tout était prêt, il a regardé et s’est réjoui. La crèche est préparée, le foin est apporté, le bœuf et l’âne sont placés. La simplicité est honorée, la pauvreté est exaltée, l’humilité est valorisée, et Greccio devient un nouveau Bethléem.
La nuit brille comme le jour, une nuit agréable pour les hommes et les animaux. Les gens arrivent et, face au nouveau mystère, ils savourent de nouvelles joies. La forêt résonne de voix et les rochers répondent aux hymnes de joie. Les frères chantent les louanges du Seigneur et toute la nuit est remplie de chants de joie. Le saint de Dieu se tient devant la crèche, débordant de soupirs, transpercé de pitié, fondant de joie ineffable. Le rite solennel de la messe est célébré sur la crèche et le prêtre jouit d’une consolation singulière.
François s’est revêtu des parements diaconaux, parce qu’il est diacre, et il chante d’une voix sonore le saint Evangile : cette voix forte et douce, limpide et sonore, remplit tous de désirs du ciel. Ensuite, il parle aux gens et avec des mots très doux, il rappelle le Roi nouveau-né pauvre et la petite ville de Bethléem

Souvent, quand il voulait désigner Jésus-Christ, rempli de la ferveur d’un amour céleste, il l’appelait «l’Enfant de Bethléem», et ce nom de «Bethléem», il le prononçait remplissant sa bouche d’amour tendre et même plus, en produisant un bruit comme le bêlement d’une brebis. Et chaque fois qu’il disait «l’Enfant de Bethléem» ou «Jésus», il passait sa langue sur ses lèvres, comme pour essayer de garder toute la douceur de ces mots.
Là se manifestent en abondance les dons du Tout-Puissant, et l’un des présents, un homme bon, a une vision extraordinaire. Il lui semble que l’Enfant Jésus gît sans vie dans la crèche, et François s’approche de lui et le réveille de cet espèce de profond sommeil. La vision prodigieuse ne s’écartait pas des faits, parce que, par les mérites du saint, l’enfant Jésus était ressuscité dans le cœur de beaucoup, qui l’avait oublié, et le souvenir de lui restait profondément gravé dans leur mémoire. Après la veillée solennelle, chacun rentra chez soi plein de joie inexprimable.

Saint Bonaventure reprend l’histoire dans sa Légende Majeure:
Les frères furent convoqués, les peuples s’empressèrent de leur côté, la forêt retentit des cris de joie, des clartés brillantes et nombreuses prêtèrent leur lumière à cette nuit sainte, et elle se passa au milieu des chants de louanges et des accords les plus mélodieux. L’homme de Dieu [François] se tenait devant la crèche, pénétré de la plus tendre piété, le visage baigné de larmes et l’âme inondée de bonheur. On célébra une messe solennelle sur la crèche elle-même; François chanta l’Evangile et ensuite il prêcha au peuple sur la naissance du Roi pauvre, que la tendresse de son amour lui faisait nommer “l’enfant de Bethléem “lorsqu’il voulait l’appeler par son nom. Or, un soldat vertueux et digne de foi, Jean de Grécio, qui, par amour pour le Seigneur, avait renoncé à la vie militaire et était uni avec François par une amitié très-étroite; ce soldat, dis-je, assura avoir vu endormi dans la crèche un enfant d’une beauté admirable, et François le pressant dans ses bras, chercher à le tirer de son sommeil.